neuroConstruct 1.6.0
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acerca de neuroConstruct
neuroConstruct se está desarrollando en el Laboratorio de Plata en el Departamento de Neurociencia, Fisiología y Farmacología de la UCL. neuroConstruct ha sido diseñado para simplificar el desarrollo de redes complejas de neuronas biológicamente realistas, es decir, modelos que incorporan morfologías dendríticas y conductividades realistas de la membrana celular. Se implementa en Java y genera archivos de script para los simuladores NEURON y GENESIS, con soporte para otras plataformas de simulación (incluyendo PSICS, MOOSE y PyNN) en etapas avanzadas de desarrollo. Utiliza las últimas especificaciones de NeuroML, incluyendo MorphML, ChannelML y NetworkML. El desarrollo de este software fue posible gracias a la financiación del Wellcome Trust, el Consejo de Investigación Médica y el Proyecto Synapse de la UE. Algunas de las características clave de neuroConstruct son: * neuroConstruct puede importar archivos morfológicos en formato GENESIS, NEURON, Neurolucida, SWC y MorphML para su inclusión en modelos de una sola célula o red, o más células abstractas también se pueden construir manualmente. * Creación de redes de neuronas basadas en conductividad posicionadas en 3D * Se pueden especificar patrones de conectividad complejos entre grupos de células para las redes * Los scripts de simulación se pueden generar para simuladores basados en NEURON, GENESIS, MOOSE, PSICS y PyNN (nota: no todos los proyectos se pueden generar para cada simulador) * Los mecanismos celulares biofísicamente realistas (mecanismos de sinapsis/canal) se pueden importar desde archivos de script nativos (*.mod o *.g) o crearse a partir de plantillas utilizando ChannelML * Generación automática de código para registrar datos de simulación y visualización/análisis de datos en neuroConstruct * Las ejecuciones de simulación grabadas se pueden ver y gestionar a través de la interfaz del navegador de simulación * Una interfaz de scripting basada en Python se puede utilizar para controlar la generación y ejecución de modelos, lo que permite ejecutar múltiples simulaciones para la optimización de modelos de red y celulares